Desde antes que comenzaran las grabaciones, "Amazonas" estuvo plagada de polémicas. 

1. Cuando comenzaron a confirmarse los nombres de los participantes, la Geisha, Anita Alvarado amenazó con no participar si su sueldo era menor al de Pablo Schilling, con quien también tuvo un frente a frente.
2. Una vez que llegaron a la selva peruana, Tanza y sus destapes comenzaron a dar qué hablar y poner en jaque a la tribu de los boras, en especial cuando inició su "affaire" con Aroldo.
3. ¿Boras actores? Mucho se especuló al respecto de la tribu con que compartirían los participantes del reality, indicando que éstos eran actores que recibían un sueldo por parte de la producción del programa de Chilevisión.
4. Otra de las polémicas fue la que se generó cuando se confirmó que el reality se grababa en un resorte, especialmente acondicionado para el programa, y no se trataba de un asentamiento indígena en medio de la selva amazónica.
5. A todo esto se sumó la polémica que se generó tras la visita del bora a Aroldo al programa estelar de Chilevisión y las posteriores declaraciones de un programa de farándula que habrían "ofendido" a la tribu peruana.

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