La nueva historia sigue los esfuerzos heroicos de la agencia cripto-zoológica Monarca cuando sus miembros se enfrentan a una batería de monstruos del tamaño de un dios, incluyendo a la poderosa Godzilla, que colisiona con Mothra, Rodan, y su última némesis, el Rey de tres cabezas «Ghidorah».
Cuando estas antiguas superespecies, que se consideran meros mitos, vuelven a surgir, todas compiten por la supremacía, dejando a la humanidad en juego la balanza.
