1.- Cartas a los PPD
Una de sus primeras polémicas fue cuando Girardi asumió públicamente en 2002 su responsabilidad por el envío de 24.000 cartas a militantes de su partido en el marco de su campaña para repostularse como timonel del PPD, las que fueron costeadas por la Presidencia de la Cámara de Diputados, encabezada en ese entonces por su compañera de bancada, Adriana Muñoz.
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2.- Caso Spiniak
Guido Girardi se vio envuelto en un nuevo escándalo político, tras su controvertida participación en el denominado caso Spiniak.
El político fue cuestionado duramente tras facilitar los medios para que un menor relatara en televisión la supuesta vinculación de parlamentarios de la UDI en este bullado caso a comienzos del 2003.
3.- Caso Publicam
En 2006 Girardi asumió su responsabilidad política al reconocer que en el marco de la campaña senatorial de 2005 utilizó los servicios de la empresa Publicam para hacer cuadrar ante el Servicio Electoral sus gastos de campaña. Esta era la misma firma que estuvo involucrada en las irregularidades que se detectaron en ese entonces al interior de Chiledeportes. En esa oportunidad la Alianza consideró inverosímiles sus descargos.
4.- Parte policial
En 2008 el senador se dirigía al Congreso cuando un carabinero detuvo su auto en el kilómetro 37 de la Ruta 68, para cursar un parte al chofer del parlamentario, por conducir a exceso de velocidad.
El procedimiento seguido por el uniformado originó la molestia del senador PPD, quien llamó a la subsecretaria de Carabineros, Javiera Blanco (DC), para quejarse por el trato desigual del que -según él- había sido objeto.
5.- Toma del Congreso
Una moción de censura contra el entonces presidente del Senado Guido Girardi presentó el oficialismo luego que el año pasado un grupo de personas se tomara el ex Congreso, mientras el titular de Educación, Felipe Bulnes, exponía en la Comisión de Presupuesto.
Se le cuestionó el que no llamara a Carabineros e incluso se mencionó que podía estar coludido con los manifestantes.
6.- Gripe Porcina
Guido Girardi aseguró en 2009 que 100 mil personas podrían morir debido al contagio con la gripe AH1N1.
Más adelante el ministro de Salud, Jaime Mañalich, aseguró que Cenabast perdió más de 3 mil millones de pesos en vacunas contra la influenza que fueron compradas en los últimos años.