La Justicia terminó por dar la razón a la destituida rectora de la Universidad de Aysén, Roxana Pey. Con 4 votos a favor y 1 voto en contra, la Tercera Sala de la Corte Suprema falló a favor del recurso de protección interpuesto por la académica contra el ministro Secretario General de Gobierno y la Ministra de Educación, por considerar que fue un «acto ilegal».
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«Se está en presencia de un acto ilegal, puesto que no es admisible que se destituya a una autoridad académica, por no compartir las políticas de gobierno en relación a la reforma educacional, pues aquello denota una grave intromisión en los asuntos internos de la Universidad».
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De esta manera, «una vez constatada la ilegalidad y arbitrariedad del Decreto Supremo Nº 229, es procedente reponer a la Rectora Pey Rumanoff en su cargo de rectora, dejando sin efecto el decreto supremo Nº234, que designó a la rectora Marshall».
No obstante, no se podrá hacer efectiva la sentencia ya que en febrero del 2017 se publicaron los estatutos de la Universidad de Aysén, lo que da Autonomía Universitaria a la institución, es decir, la Presidenta ya no tendría la facultad de remover a la actual rectora de su cargo.
«Lo anterior es trascendente, toda vez que no obstante lo ya razonado, determina la improcedencia de ordenar la reincorporación de la actora en su calidad de Rectora de la Universidad de Aysén, pues tal decisión implicaría no sólo vulnerar el derecho de defensa de la rectora Marshall, sino que además se afectaría la Autonomía Universitaria de la casa de estudios superiores de Aysén».
Por ello, el dictamen indicó que a manera de indemnización “se dispondrá el pago de seis meses de remuneraciones a contar del alejamiento del cargo, como medida paliativa de carácter alimenticio y sin perjuicio de las acciones ordinarias» que la destituida rectora pueda interponer.
A mediados del 2016 el Ministerio de Educación (Mineduc) había pedido la renuncia de la académica tras haber publicado una columna en un diario regional donde criticaba la reforma a la educación superior. Tras negarse a renunciar, el 13 de agosto del 2016 la cartera destituyó a Roxana Pey de su cargo acusando «falta de alineamiento» con el plan del gobierno en materia de educación.