El misil voló sobre Japón y aterrizó en el Pacífico a unos 2.000 kilómetros al este de Hokkaido, dijo el jefe de gabinete japonés, Yoshihide Suga, en una conferencia de prensa.
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El lanzamiento se produce después de la prueba nuclear más grande de Corea del Norte este mes.
Los usuarios de medios de comunicación social subieron imágenes de la escena cuando la alerta del gobierno sobre el sistema de señales públicas anunció la advertencia.
Los anuncios de advertencia sobre el misil cayeron alrededor de las 7 de la mañana (2200 GMT del jueves) en partes del norte de Japón. Video: Reuters.